最低賃金法に基づき、労働者の賃金は最低賃金額以上でなければなりません。ただし、賃金は基本給だけでなく、諸手当も含めて計算されます。ご質問のケースでは、基本給だけで見ると最低賃金を下回りますが、業務手当などを含めると最低賃金を上回るとのことです。この場合、賃金全体で見れば違法ではありません。ただし、各手当の支給条件や計算方法が明確であることが重要です。

次に、月80時間の残業についてですが、労働基準法では1ヶ月の法定労働時間は40時間で、残業時間は原則として月45時間、年360時間までとされています。しかし、運送業など特定の業種では、労働基準法第40条の2に基づき、特別条項付き36協定を締結することで、法定労働時間を超える労働が認められる場合があります。この場合、月80時間の残業が違法ではない可能性がありますが、労働基準監督署に確認することをお勧めします。

また、上場企業であっても、給与や退職金の額は企業や業種によって大きく異なります。20年勤めて主任として手取り20万円程度の給与は、運送業の中では一般的な範囲内である可能性があります。退職金についても、企業の退職金規程によりますが、上場企業であっても退職金が少額の場合もあります。

これらの点から、ご質問の状況が違法であるかどうかは、具体的な賃金体系や労働条件を詳細に確認する必要があります。労働基準監督署や労働組合に相談することをお勧めします。