育休手当（育児休業給付金）は、基本的には産前6ヶ月間の給与を基に計算されます。具体的には、産前6ヶ月間の賃金の合計を180で割った額が「賃金日額」となり、この賃金日額に基づいて育児休業給付金が計算されます。したがって、妊娠3ヶ月の時点で時短勤務に切り替えて給与が下がった場合、その下がった給与が産前6ヶ月間の給与に含まれるため、育児休業給付金の額にも影響を与える可能性があります。ただし、具体的な金額は個々の状況により異なりますので、詳細は管轄のハローワークや社会保険労務士に確認することをお勧めします。また、時短勤務に切り替える際には、雇用契約の変更や労働条件の調整など、法的な手続きや労使間の協議が必要となる場合がありますので、こちらも注意が必要です。