日本の労働基準法に基づいて、勤怠管理と就業時間の遵守は非常に重要です。あなたの状況では、社員が契約上の就業時間を守らず、業務内容に従わない行動を繰り返しています。このような場合、法的には以下の手順を踏むことが推奨されます。

1. 書面による警告: まず、社員に対して書面での警告を行います。この文書には、具体的な問題点、改善が求められる行動、そして改善が見られない場合の結果を明記します。これは法的な証拠としても重要です。

2. 改善命令: 書面による警告後も改善が見られない場合、改善命令を出すことができます。これは、社員に対して特定の行動を取るように命じるもので、これに従わない場合は更なる処分が可能です。

3. 訓告: 改善命令にも従わない場合、訓告を行うことができます。訓告は、社員の行動が会社の規則や労働基準法に違反していることを明確にし、その結果としての処分を伝えるものです。

4. 懲戒処分: 訓告後も改善が見られない場合、懲戒処分を行うことができます。懲戒処分には、減給、出勤停止、そして最終的には解雇が含まれます。

これらの手順を踏む際には、労働基準監督署に相談することも重要です。彼らは、労働基準法の遵守を確保し、労働者と使用者の権利を保護する役割を持っています。

また、社員の行動が業績に影響を与えている場合、ボーナスの支給に関しては、会社のボーナス支給規定に基づいて判断することが重要です。業績に基づくボーナスの場合、業績が悪化していることを明確に示し、その理由として社員の不適切な行動を挙げることができます。

最後に、固定残業代に関しては、労働基準法に基づいて適切に支払う必要があります。固定残業代を支払わないという選択は、法的なリスクを伴うため、慎重に検討する必要があります。

これらの手順を適切に実行することで、法的にも適切な対応を取ることができます。