フレックスタイム制は、従業員が一定の枠内で出勤時間と退勤時間を自由に設定できる制度です。これにより、個人のライフスタイルや家庭の状況に合わせた働き方が可能になります。しかし、あなたの会社のように、残業時間を早退や遅刻で相殺する方法は、フレックスタイム制の本来の目的である柔軟な労働時間の管理を達成していないと言えます。

フレックスタイム制の導入には、通常、コアタイム（全員が必ず働く時間帯）とフレキシブルタイム（従業員が自由に設定できる時間帯）が設定されます。これにより、従業員はコアタイム内に出勤し、フレキシブルタイム内で労働時間を調整することができます。残業時間の相殺は、このシステムを無効にし、従業員の労働時間の自由度を制限していると見ることができます。

このような状況では、従業員は自分の労働時間を自由に設定することができず、結果的に労働時間の管理が困難になる可能性があります。また、これは従業員のワークライフバランスにも悪影響を与える可能性があります。

この問題を解決するためには、会社としてフレックスタイム制の本来の目的を再確認し、従業員が労働時間を自由に設定できるようなシステムを導入することが重要です。また、従業員とのコミュニケーションを通じて、労働時間の管理方法についての意見を聞き、改善策を検討することも有効です。

最後に、労働基準法に基づく労働時間の管理が適切に行われているかを確認することも重要です。労働基準法では、法定労働時間を超える労働に対しては、割増賃金の支払いが義務付けられています。これを遵守することで、従業員の権利を保護し、公正な労働環境を維持することができます。