フレックスタイム制において、欠勤と有給取得を1日ずつし、残業を行った場合、月間所定労働時間を超えても欠勤控除が発生するのはなぜですか？また、総労働時間が月間所定労働時間を超えれば欠勤控除は問題ないのでしょうか？

フレックスタイム制において、欠勤と有給取得を1日ずつし、残業を行った場合に月間所定労働時間を超えても欠勤控除が発生する理由は、フレックスタイム制の基本的なルールに基づいています。フレックスタイム制では、通常、月間の総労働時間が所定労働時間に達していない場合、欠勤として扱われることが多いです。有給休暇は労働時間としてカウントされませんが、欠勤は労働時間の不足として扱われるため、欠勤控除が発生します。

具体的に、月間所定労働時間が150時間の場合、総労働時間が142時間、みなし時間（有休分）が8時間であっても、有休分は含めず、8時間分の欠勤控除が発生する可能性があります。これは、有給休暇が労働時間としてカウントされないためです。

一方、残業を追加で行い、総労働時間が150時間を超えれば、欠勤控除は問題ないという認識は正しいです。残業時間は労働時間としてカウントされるため、月間所定労働時間を超えることで欠勤控除が相殺されることになります。

このように、フレックスタイム制においては、労働時間の管理が重要であり、欠勤や有給休暇の扱いには注意が必要です。企業の就業規則や労働契約書を確認し、不明点があれば人事部門や労働基準監督署に相談することをお勧めします。