就業規則に記載された所定労働時間内で勤務しているのに、早出に遅刻した場合、遅刻として処理されるか、それとも有給申請をしなければならないのでしょうか？

日本の労働基準法に基づくと、就業規則に記載された所定労働時間内で勤務している場合、早出に遅刻したとしても、原則として遅刻として処理されるべきです。しかし、あなたの職場では、早出の遅刻があった場合に有給申請をすることで遅刻扱いを回避することを許可しているようです。これは、会社の裁量によるものであり、労働基準法に違反しているわけではありません。ただし、このような処理が常態化している場合、労働者の権利を適切に保護するために、労働基準監督署に相談することも一つの手段です。また、皆勤手当が遅刻によって無くなることについても、就業規則に明確な記載があるか確認することが重要です。就業規則が労働者に不利な内容を含んでいる場合、その規則は無効となる可能性があります。したがって、あなたの状況については、まず就業規則の内容を確認し、必要に応じて労働基準監督署や弁護士に相談することをお勧めします。