会社の転勤に伴う交通費の支給について、一般的には会社の規定に基づいて行われます。多くの場合、会社は合理的かつ経済的な方法を選択することが求められます。あなたの場合、車で行く場合の交通費は11000円、電車で行く場合は5000円となっており、電車の方が経済的であることが分かります。また、電車で行く場合の所要時間は片道2時間半となっていますが、これが業務上許容できる範囲であれば、会社は電車を利用することを推奨する可能性が高いです。ただし、具体的な判断は会社の規定や方針によりますので、これらの情報を基に会社と再度確認することをお勧めします。