京都から東京への転勤を検討されている状況で、子供の成長過程を見逃すことと仕事のチャンスのバランスを取ることが難しいと感じられていることは理解できます。この決断は家族の幸福と個人のキャリアの両方を考慮する必要があり、簡単なものではありません。

まず、転勤の期間と条件を明確にすることが重要です。5年間の単身赴任が確実であるか、その後の帰還が保証されているかを確認することが必要です。また、東京での新しい仕事内容がどの程度のステップアップを意味するのか、それが将来のキャリアにどのような影響を与えるのかを詳しく理解することも重要です。

次に、家族との話し合いが不可欠です。奥さんの職業が公務員であり、京都に残ることが前提となっているため、家族の生活スタイルや子供の教育環境について話し合い、どのようなサポート体制を整えることができるかを検討する必要があります。また、子供の成長において父親の存在がどの程度重要であるか、それを補うための方法（例えば、頻繁な帰省やビデオ通話によるコミュニケーション）があるかも考慮する必要があります。

最後に、将来的な転勤の可能性についても考慮する必要があります。今回断ることで、将来の転勤がどのように影響を受けるか、それがキャリアにどのような影響を与えるかを見極めることが重要です。

結論として、この決断は個々の状況や価値観に大きく依存します。家族の幸福と個人のキャリアのバランスを取るために、詳細な情報収集と家族との深い話し合いが必要です。また、会社との交渉により、転勤条件の改善や家族のサポート体制の整備が可能かどうかも検討する価値があります。