東京都内で単身赴任する場合、特に勤務地が都営三田線内幸町駅に近く、通勤時間が1時間以内、家賃が9万円以下、かつ2DKの物件を希望される場合、以下のエリアがおすすめです。

1. 品川区：品川区は内幸町駅から都営三田線で直通し、通勤時間が短くなるため便利です。家賃も条件内で収まる物件が多く、生活環境も良好です。

2. 港区：港区は都心部に位置し、交通の便が良いです。内幸町駅へのアクセスも良好で、家賃が9万円以下の2DKの物件も見つかる可能性があります。

3. 目黒区：目黒区は住宅環境が良く、都営三田線を利用して内幸町駅への通勤も可能です。家賃も比較的安く、2DKの物件が多いです。

4. 世田谷区：世田谷区は住宅地として人気があり、家賃が9万円以下の物件も多くあります。都営三田線を利用して内幸町駅への通勤も可能です。

これらのエリアは、通勤時間、家賃、物件の条件を満たす可能性が高いです。ただし、物件探しの際は、事前に不動産会社に相談し、具体的な物件情報を確認することをお勧めします。また、単身赴任生活を楽しむためには、近隣のスーパーやコンビニ、公園などの生活施設の確認も重要です。