高校生がアルバイトを辞める際に直面する問題について、あなたの状況を理解しました。まず、店長に対しては、できるだけ早く辞める意向を伝えることが大切です。年末調整の話が出たということは、店長もあなたのアルバイトを重視している証拠です。そのため、辞める理由を丁寧に説明することが重要です。

具体的には、店長に対して、「来年から3年生になるので、勉強に集中したいと考えています。そのため、12月いっぱいでアルバイトを辞めさせていただきたいと思います。」と伝えると良いでしょう。また、「年末調整の件、ありがとうございます。できれば、年末まで働かせていただきたいと思っていますが、どうでしょうか？」と、柔軟に対応する姿勢を示すことも大切です。

店長が年末調整の手続きを行うためには、あなたのアルバイトが継続していることが必要です。そのため、店長が年末調整を行うために必要な期間を考慮して、辞める時期を調整することも一つの方法です。

最後に、アルバイトを辞める際には、店長や同僚に対して感謝の気持ちを伝えることも忘れないでください。「この期間、とても楽しく働かせていただきました。ありがとうございました。」といった言葉を添えることで、良い別れを迎えることができるでしょう。

以上の方法を参考にして、店長とのコミュニケーションを円滑に進めてください。