日本の労働基準法により、1日の所定労働時間は8時間以内と定められています。あなたの場合、9:00～17:00の勤務時間で1時間の休憩があるため、所定労働時間は7時間となります。しかし、会社の就業規則では8時間と記載されており、給料明細でも1日8時間勤務したことになっていることから、会社は実際の労働時間よりも長い時間を所定労働時間として設定している可能性があります。

このような場合、会社は法定時間内残業（所定労働時間を超えていないが、法定労働時間を超えている場合）に対して割増賃金を支払う義務があります。あなたの会社がタイムカードを押すまでの時間を残業代として、時給を1.25倍して支給しているのは、この法定時間内残業に対する割増賃金の支払いと考えられます。

欠勤控除については、1日の所定労働時間が8時間とされているため、欠勤した場合には8時間分の賃金が控除されます。これは、会社が所定労働時間を8時間と設定しているためです。

会社が敢えて8時間として記載している理由としては、工場の勤務時間と合わせるため、または法定時間内残業に対する割増賃金を支払うためと考えられます。

会社のやり方が違反しているかどうかについては、労働基準法に基づいて判断する必要があります。法定時間内残業に対して割増賃金を支払うことは法的に義務付けられていますが、所定労働時間を8時間と設定すること自体は違法ではありません。ただし、労働者に対して適切な賃金を支払っているか、労働時間の計算が正確であるかなど、詳細な確認が必要です。

また、有給休暇の付与がない場合、欠勤した時に8時間分の賃金が控除されることは損となりますが、残業代として割増で受け取れることは得と言えます。ただし、これは会社の就業規則や労働契約に基づいて判断する必要があります。

最終的には、労働基準監督署に相談するか、労働組合に加入して相談することをお勧めします。