日本での給与計算は違法ではありませんか？月収は約45万～48万円、基本給は32万円、役職手当4万円、その他諸手当や時間外手当が含まれます。年間賞与は3ヶ月分で基本給32万円×3ヶ月で96万円。通常は（32万円+4万円）×3ヶ月で108万円ではないでしょうか？時間外手当は役職手当4万円が含まれた計算になっています。年収は約650万円しかなく、12万円の差は非常に大きいです。

日本の給与計算に関するご質問にお答えします。まず、給与の内訳について、基本給、役職手当、諸手当、時間外手当などがあり、これらの合計が月収となります。年間賞与については、一般的に基本給を基準に計算されることが多いですが、会社によっては役職手当や諸手当を含めたり、含めなかったりする場合があります。ご質問のケースでは、年間賞与が基本給のみを基準に計算されているため、ご指摘のように12万円の差が生じています。これは違法ではありませんが、会社の給与規定や労働契約書に明記されているか確認することが重要です。不明点があれば、労働基準監督署や弁護士に相談することをお勧めします。