転職して2日目ですが退職しようと思っています。会社側が認めれば即日退職が可能かと思いますが、認めない場合は退職届を提出しその後2週間後に退職という形になりますよね？その場合会社には2週間と2日は在籍していたことになるのでしょうか？そしてその2週間は欠勤扱いになるのでしょうか？それとも2週間の間も出社指示があるのでしょうか？体調不良での退職です、診断書ももらっています。

転職して2日目で退職を考えている場合、会社の規定によりますが、一般的には退職届を提出し、一定期間（通常は2週間）後に退職となることが多いです。会社が即日退職を認めるかどうかは、会社の規定や状況によります。

退職届を提出した場合、その後の2週間は在籍していたことになります。この期間は欠勤扱いになるか、出社指示があるかは会社の規定によります。体調不良での退職であれば、診断書を提出することで、会社が柔軟に対応してくれる可能性があります。

退職に関する具体的な手続きや規定は、就業規則や労働契約書を確認することが重要です。また、労働基準監督署や弁護士に相談することも一つの手段です。

退職に関する決定は、自身の健康と将来のキャリアを考慮して慎重に行うことが大切です。