失業保険に関する問題は、労働者の権利保護と社会保険制度の健全性に関わる重要な問題です。ご質問のケースでは、会社が従業員に対して給与を計上せずに手渡しを行っていることが問題となります。この行為は、労働基準法に違反する可能性があります。労働基準法では、賃金は通貨で支払われることが原則とされており、手渡しでの支払いも認められていますが、その場合でも支払い記録が残ることが求められます。また、このような支払い方法は失業保険の給付額計算に影響を与える可能性があります。

ハローワークに密告した場合、まずハローワークは調査を行います。調査の結果、労働基準法違反が認められた場合、会社は是正勧告を受けることになります。さらに重大な違反であれば、罰則が科せられる可能性もあります。社長個人に対する罰則については、違反の内容と程度によりますが、行政罰としての罰金や刑事罰としての罰金、懲役などが考えられます。

時効については、労働基準法違反の場合、原則として3年ですが、重大な違反については5年とされています。ただし、これは違反が発覚した時点からの時効であり、違反が継続している場合は、その継続期間中は時効が中断されるとされています。

このような問題は、労働者の権利を守るためにも、適切なルートで解決を図ることが重要です。ハローワークへの相談や労働基準監督署への申告など、適切な機関に相談することをお勧めします。