勤怠入力ミスによる欠勤扱いについて、法律的な観点から考えると、労働基準法に基づいて会社の規定が妥当かどうかを判断する必要があります。労働基準法第39条は年次有給休暇に関する規定を定めており、使用者は労働者が請求した日に有給休暇を与える義務があります。しかし、この条文には具体的な申請期限についての規定はありません。

そのため、会社の規定が合理的であり、労働者に対して事前に周知されている場合、その規定に従った処置は一般的に妥当とされます。ただし、規定が過度に厳しく、労働者の権利を不当に侵害するものである場合、その規定は労働基準法に違反する可能性があります。

今回のケースでは、会社の規定が労働者に対して合理的な通知期間を設けているか、また、その規定が労働者の権利を不当に制限していないかを確認する必要があります。また、労働者が過去に同様の状況で有給休暇を取得していたことを考慮すると、会社の規定が一方的に厳しすぎると判断される可能性もあります。

このような場合、労働者は労働基準監督署に相談することで、会社の規定が適法かどうかを確認することができます。労働基準監督署は、労働基準法の適用についての指導や是正勧告を行う機関であり、労働者の権利を守るための重要な役割を果たしています。

結論として、会社の規定が労働基準法に違反していない限り、勤怠申請の期限を過ぎた場合の欠勤扱いは一般的に妥当とされます。しかし、規定が労働者の権利を不当に制限するものである場合、その規定は違法と判断される可能性があります。労働者は、自身の権利を守るために、適切な手段を講じることが重要です。