年末年始休暇前に有給を申請する際に、会社が繁忙期を理由に有給の日数を制限することは、法律的には違法ではありません。労働基準法第39条により、使用者は労働者に対して年次有給休暇を与える義務がありますが、同時に使用者には「時季変更権」が認められています。これは、労働者が希望する日に有給休暇を取得できない場合、使用者が他の日に取得するように調整する権利を指します。

繁忙期においては、会社の業務運営上の必要性から、有給休暇の取得を制限することがあります。ただし、この制限は合理的な範囲内で行われるべきであり、労働者の権利を不当に侵害しないようにする必要があります。具体的には、会社は労働者に対して代替の日を提示し、その日に有給休暇を取得するように誘導することが求められます。

あなたの場合、社長が繁忙期を理由に有給休暇を2日間しか認めないとしていますが、これが合理的な範囲内であるかどうかは、会社の具体的な状況や業務内容、その他の労働者の有給休暇の取得状況などを考慮して判断する必要があります。もし、あなたがこの制限が不当であると感じる場合は、労働基準監督署に相談することも一つの手段です。

また、会社の就業規則や労使協定に特別な規定がある場合は、それに従う必要があります。そのため、就業規則を確認し、会社との交渉や調整を行うことも重要です。

最終的には、労働者の権利と会社の業務運営のバランスを取りながら、双方が納得できる形で有給休暇の取得ができることが望ましいです。