あなたの状況について、まず、労働基準法に基づく法定休日と会社独自の所定休日の違いを理解することが重要です。法定休日は労働基準法で定められた休日で、一般的には日曜日や祝日が該当します。一方、所定休日は会社が独自に定める休日で、これには法定休日以外の日も含まれることがあります。

あなたの会社の規定では、日曜日と祝日が会社休日であり、さらに4日間が公休とされているようです。この場合、法定休日である日曜日と祝日は労働基準法に基づき休日とされるため、これらの日は欠勤扱いにはなりません。一方、所定休日である4日間の公休については、会社の規定によりますが、一般的には出勤しなかった場合には欠勤扱いとなることが多いです。

本社から「1日も出勤してないから公休はゼロ」と言われた点については、会社の規定を確認することが必要です。会社の規定によっては、所定休日に出勤しなかった場合には公休が減らされることがあります。ただし、法定休日については、労働基準法に基づき休日とされるため、欠勤扱いにはならないはずです。

11月についても同様に、法定休日は欠勤扱いにならないと考えられますが、所定休日については会社の規定を確認する必要があります。また、欠勤が増えることでボーナス査定に影響が出る可能性がありますが、これも会社の規定によります。

このような状況では、労働基準監督署に相談することも一つの手段です。労働基準監督署は労働者の権利を守るための機関であり、あなたの状況を詳しく説明することで、適切なアドバイスを受けることができます。また、労働組合に加入している場合は、組合に相談することも有効です。