日本の労働基準法によれば、交通費は労働者の労働条件の一部として、雇用主が負担すべきものです。ただし、実際の運用においては、交通費を時給に含めるという形態を取る企業もあります。あなたの場合、会社側は交通費を時給に含めていると主張していますが、大雨などの特別な状況では自腹で交通費を負担する必要があるという状況です。これは、労働条件の一貫性に問題があると言えます。会社の備品買い出しの際に自転車を使用することや、他の社員に頼むこともあるという状況は、会社の業務遂行に対する貢献度を示しています。このような状況では、交通費の負担について再度会社側と交渉することが望ましいです。特に、個人経営のワンマン会社であることから、社長に直接話すことが必要かもしれません。ただし、社長との関係性を考慮し、適切なタイミングで、冷静かつ建設的に話し合うことが重要です。また、労働基準監督署に相談することも一つの手段です。労働基準監督署は、労働者の権利を守るための機関であり、労働条件に関する問題について助言や指導を行ってくれます。