日本の労働基準法によれば、有給休暇は労働者の権利であり、使用することができます。ただし、有給休暇を取得した場合に皆勤手当が消えることについては、会社の就業規則によります。就業規則によっては、有給休暇を取得した場合でも皆勤手当を支給する場合がありますが、その逆もあり得ます。したがって、有給休暇を取得した場合に皆勤手当が消えるかどうかは、会社の就業規則を確認する必要があります。また、就業規則が労働基準法に違反していないかどうかも確認することが重要です。