年休を取得したから賞与を差し引くことは、一般的には合法ではありません。日本の労働基準法では、有給休暇は労働者の権利として保障されており、有給休暇を取得したことで賞与が差し引かれることは、労働者の権利を侵害する行為となります。

具体的には、労働基準法第39条により、使用者は労働者が年次有給休暇を請求した場合、これを拒むことができないとされています。また、同法第114条により、使用者が労働者の権利を侵害した場合、労働者は使用者に対して損害賠償を請求することができます。

ただし、賞与の支給基準については、各企業の就業規則や賞与規定によります。就業規則や賞与規定において、有給休暇の取得が賞与の支給基準に影響を与えると明記されている場合、その規定に従って賞与が差し引かれることがあります。しかし、このような規定があったとしても、労働者の権利を不当に侵害するものであれば、労働基準監督署に相談することで是正を求めることができます。

また、無断欠勤や遅刻については、就業規則に基づいて賞与が差し引かれることがありますが、これも就業規則に明記されている必要があります。就業規則に基づかない賞与の差し引きは、労働者の権利を侵害する行為となります。

したがって、年休を取得したから賞与を差し引くことは、一般的には合法ではありません。ただし、各企業の就業規則や賞与規定を確認し、それに基づいて判断する必要があります。