会社の交通費申請において、より安価で短時間のルートが存在する場合の対応については、いくつかの点を考慮する必要があります。まず、法律上の問題についてですが、労働基準法においては、通勤手当の支給に関して特にルートの指定や最低限の費用の規定はありません。しかし、一般的には、合理的な範囲内で最も安価なルートを選択することが求められます。そのため、もし会社の規定や就業規則において、最も安価なルートを選択することが明記されている場合、それに従う必要があります。

次に、現在のルートを継続するか、新しいルートに変更するかの判断についてです。もし、新しいルートが合理的であり、会社の規定に適合するのであれば、変更を申請することが望ましいです。ただし、すでに定期代を購入し、会社から支給されている場合、その払い戻しや再申請の手続きが必要となります。この際、会社の規定に従い、適切な手続きを行うことが重要です。

最後に、定期代の払い戻しや再申請についてですが、これは会社の規定によります。会社によっては、定期代の払い戻しについて特別な規定がある場合もあります。そのため、まずは会社の人事部門や担当者に相談し、具体的な手続き方法や必要書類を確認することが必要です。

以上の点を踏まえると、まずは会社の規定を確認し、それに基づいて適切な対応を取ることが重要です。もし、会社の規定が不明確である場合や、具体的な手続き方法が分からない場合は、人事部門や担当者に相談することをお勧めします。