通勤手段の変更については、まずは人事部門に連絡し、通勤経路の変更を申請することが適切です。これにより、給与明細の記載内容と実際の通勤手段が一致し、誤解や不正が生じないようにすることができます。

定期代の清算については、会社の規定によりますが、一般的には支給された定期代の清算を求められる可能性があります。これは、通勤手当が実際の通勤手段に基づいて支給されるべきであるためです。したがって、人事部門に連絡する際には、定期代の清算についても事前に確認し、必要な手続きを行うことが重要です。

また、店長に自転車で通勤していることが何度も見られているとのことですが、これについては、通勤手段の変更を人事部門に報告した後、店長にも直接報告することが望ましいです。これにより、店長との間で誤解が生じることを防ぎ、職場の信頼関係を維持することができます。

最後に、通勤手段の変更により、給与明細の記載内容が変わることになりますが、これは正確な情報の反映であり、不正行為ではありません。したがって、罪悪感を持たず、適切な手続きを行うことが重要です。