別居手当の打ち切りについては、会社の就業規則や労働契約に基づいて判断する必要があります。一般的に、別居手当は従業員が家族と別居することによる経済的負担を軽減するために支給されるものです。しかし、質問のケースでは、夫婦関係が事実上破綻しており、従業員が妻のところに帰っていないことから、別居手当の支給要件を満たしていない可能性があります。

会社としては、まずは従業員に対して、別居手当の支給要件を満たしていないことを説明し、打ち切りの意向を伝える必要があります。その際、従業員の法的権利や労働条件に影響を与えないよう、慎重に対応することが重要です。また、従業員の同意を得ることが望ましいですが、同意が得られない場合は、就業規則や労働契約に基づいて、合理的な理由を示して打ち切りを行うことが考えられます。

ただし、別居手当の打ち切りは従業員の生活に大きな影響を与える可能性があるため、事前に従業員の生活状況や経済状況を十分に把握し、必要に応じて支援策を講じることが重要です。また、打ち切りによって従業員のモラールが低下することがないよう、適切なコミュニケーションを取ることも忘れてはなりません。

最終的な判断は、会社の就業規則や労働契約、そして従業員の個別の状況に基づいて行う必要があります。法的なアドバイスが必要な場合は、弁護士や労働問題の専門家に相談することをお勧めします。