派遣会社が交通費を非課税としている場合、交通費の支払い方法や課税扱いについては、基本的に派遣元が決定します。派遣契約において、交通費の取り扱いは派遣元と派遣先の間で合意された内容に基づいて行われます。

交通費が非課税とされる場合、通常は派遣元が直接交通費を支払うか、または派遣先が交通費を支払い、その後派遣元に請求する形をとります。この際、交通費の支払いに関する証明書類（領収書など）が必要となることが一般的です。

一方、交通費が課税扱いとなる場合、派遣先に交通費を請求することは可能ですが、これは派遣元と派遣先の間で事前に取り決めが必要です。課税扱いの交通費は、派遣元が派遣先に請求することもありますが、この場合、交通費は派遣先から派遣元に支払われ、その後派遣元から派遣社員に支払われるという流れになります。

交通費の取り扱いは、派遣契約の内容や派遣元と派遣先の間の合意によって異なるため、具体的な取り扱いについては、派遣元に確認することが必要です。また、税法上の取り扱いについては、税理士などの専門家に相談することをお勧めします。